A povoação já deveria existir no séc. XVI, dado que no “Cadastro da população do Reino (1527)” consta no termo da villa de Goys a existência da então denominada pena onde viviam cinco moradores.
As primeiras formas de povoamento que se conhecem no concelho de Góis datam do período neolítico ou bronze I, como testemunham os diversos vestígios e achados arqueológicos, encontrados a Norte deste território. A origem destes núcleos verificou-se durante o período do ferro, com a formação de pequenas povoações nas encostas e nos topos das colinas, tendo sido algumas delas posteriormente abandonadas durante a idade média.
Fazendo face à dificuldade sentida de atravessamento da região, conta-se que teria existido uma estrada "romana" ou "medieval", cujo trajeto seria feito nomeadamente pela Aigra Velha e pela Pena, fazendo parte da rota de mercadorias que se estenderia de Lisboa até ao Norte.
A origem do nome
Pena é topónimo que tem origem latina em penna, variante de pinna, que significa penha, isto é, penhasco ou rochedo, situação característica da envolvente à aldeia, que se situa junto à crista quartzítica dos Penedos de Góis. Entre os vários e vigorosos afloramentos rochosos, destaca-se o denominado Penedo da Abelha, sobranceiro à aldeia, na margem direita da Ribeira de Pena. Também poderia significar local de construção de pequeno castelo ou pequena estrutura defensiva (interpretação do referido por VITERBO, 1798). Na ausência de vestígios, não deverá ser o caso.